はじめまして。
似たような状況、そしてお近くのようなのでＴＢさせていただきました。ブログ初心者ですがよろしくお願いします。

＞私達が購入した土地は元が農地だったため、水道を２５ｍもひかなければなりません。
＞そのため、水道工事だけで１００万弱かかります。

上水道への接続は、舗装を壊したりまた舗装したりで高くなるようです。私道とは違って、車が通行しても支障ないように路盤工などをシッカリ行うためだと思われます。


＞家を建てる前に、水道工事、外溝工事（これは畑の土を削って駐車場にするためと簡単な土囲いのみです）

水道や外構が先というのは珍しいように思います。
また、建設予定地の畑の方が接続する道路よりも高いのでしょうか。

＞加えて農地から宅地への申請は済んでいたのですが、その時と外溝、建物の大きさ等が大きく変更になったため、再申請の手続きをしなければなりません。

わたしも農地転用がありましたが、わたしの場合は農地法４条であり、第１種低層住居専用地域でした。
このような場合、大規模な行政によっては申請でなく届出で良いように簡略化されているところもあります。それに期待して行政や農業委員会に行ったのですが、わたしの建設予定地では従来通りの申請手続でたくさんの書類が必要でしたので、結局プロに頼みました。

その後に、多少の変更があり、厳密に言うと
「施設の配置、着工及び完工の時期」が少し違うので気にかかっています。実務上どの程度のズレなら許されるのでしょうか。

＞主人が頑張って新しい図面かいてます。

すごいご主人ですね。尊敬します。